Le fleuve Saint-Laurent a subi depuis ces dernières décennies, toutes sortes de perturbations majeures, passant de l’artificialisation des rivages, à la réduction des forêts riveraines, à la dégradation de la qualité de l’eau et aux pertes d’habitats fauniques.
Les facteurs qui ont le plus contribue a la dégradation de la faune et de a flore sont: les rejets polluants en provenance de l’agriculture, les déversements toxiques. La décharge des eaux et neiges usées de, municipalités, les empiétements par remblayage et les pertes accidenté les d’hydrocarbure par les pétroliers.
La qualité de l’environnement du lac Saint-Pierre se démarque des autres régions connexes car depuis quelques années, les secteurs industriels, agricoles et municipaux ont fait des efforts pour assainir leurs eaux usées. Et de plus, il faut noter que dans la région du lac Saint-Pierre, il y a eu une perte de seulement 5% des milieux humides comparativement à 70% pour l’ensemble des autres tronçons du fleuve.